1、專科醫師訓練及認定標準與中華民國免疫學會專科醫師考試資格及辦法並行。

• 經衛生署評鑑為區域醫院以上，設有免疫過敏門診及病房。並須有三名以上之專任免疫過敏專科醫師。

2、非經衛生署評鑑為區域醫院者之專科醫師訓練醫院及醫師的認定標準：

• 訓練之醫師需具備有三年以上的專科醫師資格，擬可提出申請，合格者發給師資證書。
• 專科醫師訓練之醫師於五年內需有研究論文發表（以第一作者和通訊作者為限），且申請專科醫師時之論文不得重複使用。
• 專科醫師訓練之醫師資格五年為限（屆時需重新申請），每位負責訓練醫師每年以訓練兩位醫師為限。

專科醫師甄審資格

專科醫師訓練：

• 全職兩年（每週訓練至少8個半天）
• 兼職四年（每週訓練至少4個半天）；少於每週4個半天者，由指導醫師按比例延訓。

專科醫師的考試資格認定：

• 取得小兒科專科醫師資格且已登錄學會會員兩年者
• 在學會認定的醫院及負責訓練醫師的指導下進行，全職兩年或兼職四年之過敏免疫次專科訓練。
• 訓練期間至少發表一篇與過敏免疫相關的論文
• 繼續再教育積分50分。

考試：

• 報名日期：每年11月1日至11月15日止
• 考試日期：每年12月的第二個星期日舉行筆試及口試
　　自然換證 – 需具備以下條件及經甄審委員會甄審通過：
• 已考取中華民國免疫學會專科資格者。
• 已登錄學會會員兩年者及繼續再教育積分50分。
• 與過敏免疫相關之論文一篇（論文與免疫學會專科考試甄審同即可）。

費用：

• 報名甄審費：3000元
• 証書費：10000元
• 自然換證証書費：3000元

積分：

• 每年九月份會員大會－ 15分
• 每年二月戶外學術研討會－ 5分
• 每年台灣兒科醫學會大會－ 5分
• 其他有關免疫過敏風濕病教育學分亦可列入